省发改委高度重视全省的重点流域水污染防治工作，在水污染防治工作上以科学发展观为指导，加大项目监督管理力度和资金投入，突出抓好生态文明建设，不断推动城镇水环境质量持续改善。重点推进国家《国家重点流域水污染防治规划（2011-2015年）》项目建设，贯彻落实《松辽流域城镇污水处理及再生利用设施建设项目管理办法》。吉林省松花江和辽河两个流域纳入全国重点流域规划。吉林省列入国家重点流域水污染防治“十二五”规划的项目109个，其中污水处理及再生利用项目86个，水源地保护项目23个。2012年有10个项目得到中央预算内资金支持，国家资金1.657亿元，其中污水处理项目5个，资金1.07亿元，水源地保护项目5个，国家资金5830万元。2013年重点流域水污染防治项目已完工3个（水源地保护），在建项目共25个，其中污水处理项目20个，水源地保护项目5个。